Секвенирование
Чтение нуклеотидных последовательностей является универсальным инструментом геномики и с развитием технологий NGS становится всё более доступным. Мы обладаем рядом различных приборов для проведения секвенирования и рады предложить Вам:
Полногеномное секвенирование
требуется в сложных медицинских случаях, а также для работы с организмами, у которых неизвестен референсный геном, при необходимости сборки генома de novo, и изучении межгенного пространства. Мы поможем Вам с планированием эксперимента и подберём правильную схему покрытия генома.
Секвенирование экзомов
экономичное и информативное решение большинства медико-генетических задач, особенно в случаях массовых и популяционных анализов. Возможно чтение как всего экзома, так и выборочное (таргетное) секвенирование генов для кандидатных исследований.
Секвенирование РНК
for all your gene expression needs. У нас можно заказать исследование целых транскриптомов, микроРНК и других регуляторных последовательностей.
Различные эпигенетические анализы
любого формата - определение метилирования ДНК, анализ гистонных модификаций. У нас накоплен богатый опыт пробоподготовки и анализа данных бисульфитного секвенирования (RRBS) и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq).
Технология 10х
представляем уникальную новую услугу — секвенирование 10x с использованием технологий Chromium и GemCode от 10x Genomics. В основе метода лежит использование микрореакторов: отдельные клетки или образцы ДНК (от 1 нг) заключаются в гелевые капли и готовятся независимо друг от друга. Каждой капле назначается индивидуальная молекулярная метка, с помощью которой можно отличить образцы на стадии анализа данных.
![Технология 10х](assets/images/src/sequen-pic12.jpg)
Применение
Анализ экспрессии отдельных клеток
индивидуальный профиль экспрессии до 80 000 клеток, точность метода позволяет идентифицировать редкие подтипы внутри тканей.
Иммунное профилирование
каталогизация V(D)J-репертуара, полноразмерный анализ тяжёлых и лёгких цепей иммуноглобулинов, выделение изотипов, оценка разнообразия и клональности клеток.
Сборка de novo
эффективная и малозатратная реконструкция генома благодаря группировке чтений.
Массовый анализ копийности
поиск участков копийности размером от 2 Mb в тысячах отдельных клеток, кластеризация и реконструкция эволюции копийных вариантов внутри ткани, популяции стволовых клеток или опухоли.
![Массовый анализ копийности](assets/images/src/sequen-pic2.jpg)
Секвенаторы
Высокопроизводительный NGS секвенатор HiSeq (Illumina) - секвенирование нового поколения.
Секвенатор, в основе работы которого лежит технология секвенирования синтезом на молекулярных колониях. Предназначен в основном для научных задач, требующих большого объема данных (ресеквенирование и сборка геномов эукариот, анализ крупных партий однотипных образцов посредством мультиплексирования).
Прибор позволяет получать одиночные и парные чтения фиксированной длины (от 50 до 250 п.н.), общий объем данных может составлять от 15 до 500 млрд. п.н. и даже больше. В режиме максимальной производительности эксперимент занимает до двух недель, однако имеется возможность проведения «быстрого запуска», предоставляющего готовые к анализу данные в течение суток после получения образцов.
![SOLiD 5500](assets/images/src/HiSeq 1500_new.webp)
MinION
MinION – нанопоровый секвенатор третьего поколения производства компании Oxford Nanopore Technologies с максимальной производительностью до 30 млрд. нуклеотидов за один запуск и без ограничений по длине прочтений.
Области применения MinION:
- Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование.
- Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах.
- Детекция хромосомных аберраций.
- Исследование альтернативного сплайсинга.
- Определение копийности определенных последовательностей.
- Анализ экспрессии генов.
- Детекция модифицированных нуклеотидов.
- Анализ профиля метилирования и др.
![MinION](assets/images/src/minion-product2.webp)
Услуги по биоинформатике
Помимо «мокрой» работы, мы также обеспечиваем биоинформатическую поддержку проводимых экспериментов. В ходе работ с применением современных методов молекулярной биологии часто производятся большие объёмы данных, и для полноценного их использования в научной работе могут потребоваться значительные вычислительные ресурсы и квалифицированные кадры. У нас накоплен богатый опыт работы с разнообразными задачами в области геномики, и мы будем рады помочь Вам с их решением. Спектр возможных расчётов включает в себя как базовую обработку генетической информации (например, контроль качества, картирование чтений на референсный геном), так и ряд специализированных анализов:
- SNP- и indel-calling, анализ копийности по данным геномного или экзомного секвенирования, функциональная аннотация полиморфизмов;
- сборка геномов de novo;
- работа с экспрессионными данными, биаллельная транскрипция, дифференциальный сплайсинг;
- разнообразные ассоциативные исследования — полногеномные или селективные, популяционные или семейные, по данным генотипирования или секвенирования.
Возможна работа как с данными, полученными у нас же, так и с любыми другими, в том числе и находящимися в публичном доступе (например, из архивов SRA). Кроме того, мы поможем Вам с планированием эксперимента с точки зрения биостатистики и биоинформатики, разработаем и реализуем автоматизацию имеющихся у Вас научных расчётов.
Мы располагаем собственным вычислительным кластером, но также и имеем возможность заказа дополнительных мощностей у наших партнёров в любом объёме на случай, если поставленная задача потребует специфических ресурсов.